한일어업협정에 관련한 위헌소송(한일어업협정 위헌확인소송)은 4개의 케이스가 있다.
- 99 헌마 139 - 어업협정이 독도와 그 영해를 중간수역에 포함시켜 한국의 영토주권을 포기, 이는 헌법 3조의 위반. 이에 대해 위헌소송을 냄. (1999년 3월 12일)
- 99 헌마 142 - 독도는 한국의 영토이고, 당연히 독도를 기점으로 200해리의 배타적경제수역을 가져야 함에도 일본과의 중간수역으로 정해 국민의 주권과 영토권을 침해하고, 청구인 및 어민들의 경제적 기본권을 침해. 이에 대해 위헌소송을 냄. (1999년 3월 16일)
- 99 헌마 156 - 한국은 어업협정에서 독도를 중간수역에 포함시켜 영유권 및 인근 어업자원을 포기하여 영토권과 외국에 대한 평등권을 침해. 이에 대해 위헌소송을 냄. (1999년 3월 22일)
- 99 헌마 160 - 한국은 어업협정에서 독도를 중간수역에 포함시켜 한국의 영토인 독도에 대한 영유권을 포기, 대한민국 국민의 영토권을 침해하였고, 일본과 일방적으로 불리한 협상을 해 후손의 권리를 침해, 굴욕적인 협상으로 헌법에 기술된 3.1정신을 위배. 이에 대해 위헌소송을 냄. (1999년 3월 23일)
이에 헌법재판소는 한일어업협정 위헌확인 소송을 기각하였고. 헌재는 배타적경제수역과 관련해, 한일어업협정은 어업에 관련된 협정이므로 배타적경제수역의 획정과는 연관이 없으며, 중간수역에 대해서는 한일 양국이 서로 자국의 배타적경제수역쪽으로 후퇴해 양보를 했기 때문에 어느 일국의 일방적인 양보로 보기 힘들다고 설명했다.(한국 배타적경제수역법 5조 2항/일본 배타적경제수역 및 대륙붕에 관한 법률 1조 2항)
독도의 영해에 관련해서는, 독도의 영유권과 영해는 어업권에 관련된 중간수역과 직접적인 관련이 없으며, 배타적경제수역은 영해 외의 영역을 규정(영해 기선으로부터 200해리 - 해양법협약 55조), 이는 중간수역도 마찬가지로 봐야 하기 때문에, 독도 자체가 중간수역에 있다고 보더라도 영유권 문제와는 상관이 없다고 설명했다.
이에 외교통상부 장관은, 어업협정은 배타적경제수역의 획정이 완료되지 않은 상황에서 어업에 관련하여 잠정적으로 체결된 것이고, 중간수역 내에 있는 독도와 독도의 영해는 중간수역에서 제외되기 때문에 문제가 없다고 설명했다. 그리고 헌법 3조의 영토권 침해에 대하여, 대한민국 헌법은 국가의 영토권을 규정했지, 국민 개개인에 대한 영토 권리를 인정하지 않기 때문에, 개인의 영토권 침해는 성립될 수 없다고 설명했다.
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